舞台は西暦2060年の日本、「科学警察研究所 法医第九研究室」、通称「第九」。
そこで行われる「MRI捜査」では、死者の脳から記憶を映像として再現する事が出来るが、解明不能な事件の真相にさえ繋がる有効な捜査手段でありながら、世間から強い偏見と反発に晒されていた。
捜査を担当する職員たちも、凶悪犯罪に関わる凄惨な映像と日々向き合うことで苦悩し、心を病む者も多い。
新人の 青木 一行 は最先端捜査を担う「第九」に強い憧れを持って配属される。
だが、死者の脳から記憶を辿り、被害者と加害者の「秘密」を暴きだすその仕事は、想像を絶する凄惨なものだった。
事件の捜査を通じ、青木は尊敬する第九室長 薪 剛 が抱え持つ「秘密」とも向き合うことになる。